3개월 미만의 신생아 및 미숙아는 프로바이오틱스 유산균을 함부로 먹이면 안 된다. 미숙아나 신생아가 프로바이오틱스를 복용한 뒤 균혈증이나 패혈증이 나타난다는 연구 보고가 있다.
혈변은 급성기 장염 등이 원인인 경우가 많은데, 염증 또는 상처로 장 벽이 약할 때 프로바이오틱스를 먹으면 감염 위험이 더 크다. 신생아 괴사성 장염 예방에 프로바이오틱스를 쓰기도 하지만 어디까지나 예방 목적으로만 쓰고, 이 때도 해당 질환에 효과가 있다고 입증된 특정 균주만 사용해야 안전하다.
성인용 프로바이오틱스를 신생아에게 먹이는 경우도 종종 있다. 이때 과다복용으로 살사나 복통이 생길 수 있다. 미숙아나 신생아에게 프로바이오틱스를 먹여야 한다면 의료진과 반드시 상의한 뒤, 효과가 있는 균주를 처방받아 먹여야 한다.
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